Z médií i ze sociálních sítí se k řadě z Vás dostala informace, že třeboňské pracoviště Mikrobiologického ústavu AV ČR (MBÚ), které sídlí na Opatovickém mlýně, získalo souhlas k provádění testů na přítomnost viru SARS-CoV-2 ve vzorcích pacientů odebíraných v nemocnici v Jindřichově Hradci. Spolu s touto informací se objevily i požadavky o informaci, jak test probíhá a zda není ohrožena Třeboň nebo její region.
Obecně řečeno, existují dva způsoby, jak prokázat onemocnění COVID-19. Prvním z nich je prokázání přítomnosti protilátek u člověka, což je vhodné hlavně pro zpětné vyhodnocení, kdo onemocnění prodělal. Tedy i těch, kteří jej prodělali bez příznaků. Především v raném stádiu onemocnění nemusejí být ale protilátky zatím ještě přítomné a test by nebyl přesný.
Druhým způsobem, jak prokázat onemocnění COVID-19, přesněji řečeno jak prokázat, zda virus v těle máme či nemáme, je určení přítomnosti genetické informace viru ve vzorku. A protože SARS-CoV-2 je takzvaným RNA virem, hledá se jeho RNA. A jak tento test probíhá?
Vzorek je v nemocnici odebrán speciální štětičkou, která z horních cest dýchacích setře jejich povrch. V tomto vzorku jsou přítomny lidské buňky, bakterie, pylová zrna (je jaro), fragmenty peří z peřin, roztoči, jiné viry (a další věci, které jsme do nosu nasáli) a případně i virus COVID-19. Štětička se vzorkem se po výtěru ihned hermeticky vloží do zkumavky a následně zabalí do třech ochranných obalů. Takto je transportován na předávací místo v MBÚ v Třeboni. Zde je poslední, vnější obal vzorků desinfikován 80 % etanolem a teprve pak přenesen do speciální uzavřené místnosti s boxem, kterému se říká laminární. Ten je uzpůsoben tak, že stále nasává vzduch, a tudíž se z něj žádný mikroorganismus nedostane ven. Vzduch následně prochází přes speciální filtry. Tyto boxy jsou v MBÚ běžně používány a splňují všechna nejpřísnější kritéria bezpečnosti. Jejich použití je podle bezpečnostních předpisů podmínkou možnosti testování.
V boxu technik postupně odstraní ochranné obaly a štětičku se vzorkem přenese do „lyzačního roztoku“, který téměř okamžitě rozloží všechny buněčné membrány a zneškodní vše, co se ve vzorku nachází, včetně hledaného viru. Je to takzvaný inaktivační krok a od této chvíle není vzorek infekční a může se s ním pracovat ve standardně zabezpečené laboratoři se standardními ochrannými pomůckami, které chrání pracovníky před případným kontaktem se vzorkem a naopak i vzorek před kontaminací z prostředí, který by test mohl ovlivnit.
Nyní máme ve zkumavce veškeré genetické informace ze vzorku, tedy lidské, bakteriální, virové, rostlinné (vzpomeňte ten pyl) a podobně. Část z nich je ve formě DNA, další ve formě RNA. A protože virová genetická informace je ve formě RNA, musíme ze vzorku izolovat pouze a jen RNA a abychom ji mohli dále analyzovat, musíme si z ní speciálními enzymy vyrobit DNA.
Následuje řada laboratorních postupů, na jejichž konci se do vzorku přidají tzv. „primery“, úseky DNA, které rozpoznají určitý úsek šňůrky genetické informace viru a usadí se na jeho okraje. Vlastně nám tak označí začátek a konec textu, který má jen a jen hledaný virus. Přístroj, který nyní přichází na scénu je tzv. „real time PCR“, pravá ruka molekulárního genetika současnosti. A tento přístroj se nastaví tak, aby všechny označené úseky virové DNA mnohonásobně nakopíroval a přitom zároveň měřil kolik nové „virové“ DNA vytvořil. Takto sdělí nejenom, zda je virus přítomen, ale, za určitých podmínek, také kolik jej ve vzorku je.
Hloubavější čtenáři namítnou, „co když se v nose špatně šťouralo a vzorek se neodebral?“. Ano, to by pak byla špatná negativita a o člověku možná nakaženém, bychom tvrdili, že nakažený není. Test pamatuje i na toto. A proto to samé, co se děje s virovou šňůrkou RNA, se děje i s jedním lidským úsekem RNA, který, byl-li vzorek řádně odebrán, je vždy přítomen. A pokud se tedy objeví ve výsledcích, pracovalo se správně nejen při odběru, ale i během celé složité analytické procedury.
Takto prováděný test trvá minimálně 6 – 7 hodin. Veškeré vzorky procházejí testem pod číslem, nikoliv pod jménem vyšetřovaného.

Mám rád podobenství. Představme si, že hledaný virus je jablko „Reneta“. Přišli jsme do sadu, kde jsou všechny možné ovocné stromy. Jenom strom s renetami nám může ublížit. Nejprve ovoce setřeseme. Je dole a už nám neublíží (= inaktivace). Pak vybereme jablka (= izolace RNA). Pak na každou stopku a pupík všech jablek zkusíme nasadit formičku, která pasuje jen na renety (= primery). A pak spočítáme, kde se nám to povedlo a kolik renet vlastně máme, pokud vůbec nějaké (= PCR).

 

Dr. Richard Lhotský, Laboratoř řasové biotechnologie
Dr. Kateřina Bišová, Laboratoř buněčných cyklů řas

2. dubna 2020
Foto: MBÚ Třeboň