Hlavní oblasti zájmu

Obecně se zabývám molekulární fylogenezí a genomikou sinic z různých pohledů. Již od dob studia se věnuji tématu klasifikace sinic s využitím sekvencí DNA a molekulární evoluci sinic obecně. Od dokončení doktorského studia se však mezi hlavní témata mé práce řadí studium genetického pozadí biosyntézy bioaktivních látek ze sinic a detekce těchto genů. 

Metody

Izolace a sekvenace DNA včetně next-generation sekvenace, PCR, fylogenetická analýza, analýza genomu, bioinformatická predikce sekundárních metabolitů. Klasická a molekulární identifikace sinic a řas.

Vědecká kariéra

• 2014–dosud     Vedoucí výzkumného týmu – Biologické centrum Akademie věd České republiky, Hydrobiologický ústav
• 2013–dosud     Doktorand/juniorský výzkumník - Mikrobiologický ústav Akademie věd České Republiky (Centrum Algatech)
• 2012–dosud     Učitel a odborný asistent – Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Přírodovědecká fakulta, Katedra botaniky 
• 2011–2017       Doktorand/postdoktorand – Botanický ústav Akademie věd České republiky

Vzdělání

• 3’ 2015    Ph.D. se specializací Botanika, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, České Budějovice, školitel: Doc. Jan Kaštovský
• 1’ 2009    Mgr. v oboru Botanika, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, školitel: Dr. Jan Kaštovský

Nejvýznamější vědecké projekty

• 2019–2021 Mezinárodní grant DFG-GAČR Grantové agentury České republiky (19-21649J) – Hunting down the Eagle Killer – Investigations into the cyanotoxin causing avian vacuolar myelinopathy – hlavní řešitel
• 2016–2018 Standardní grant Grantové agentury České republiky (16-09381S) – Bioactive lipopeptides: genome mining, detection, and structure-activity – spoluřešitel

Výběr z nejvýznamější přednášek (celkem 6)

• Mareš J. 2019. Cyanobacterial taxonomy: a botanical point of view. 21st Genomic Standards Consortium Meeting: Cyanobacterial taxonomy satellite meeting, Vídeň, Rakousko. Zvaná přednáška.
• Mareš J. 2016. Molecular taxonomy of Cyanobacteria in the Genomic Era. 20th Symposium of the International Association for Cyanophyte Research, Innsbruck, Rakousko. Zvaná keynote přednáška.
• Mareš J., Hauer T. 2013. Polyphasic study of the coccoid cyanobacterial genera Gloeothece and Cyanothece. 19th Symposium of the International Association for Cyanophyte Research, Cleveland USA.

Výběr z nejvýznamnější posterů (celkem 17)

• Mareš J., Bártová M., Kust A., Čapková K., Vu D.L., Fewer D.P., Mattila A., Skulberg O.M., Mysterud I., Sivonen K. & Hrouzek P. 2018. Cytotoxic cyanobacterial lipopeptides puwainaphycins and minutissamides: gene cluster analysis and universal detection methods. 16th International Symposium on Phototrophic Prokaryotes, Vancouver, Kanada.
• Mareš J., Cantonati M. 2015. Phylogenetic position of a peculiar benthic epilithic cyanobacterium Geitleribactron purpureum from Lake Tovel (Italy), and its consequences to the taxonomy of Geitleribactron. The International Benthic Algae Taxonomy Workshop, Trento, Itálie.
• Mareš J., Hrouzek P. & Zapomělová E. 2012. Genomic analysis and secondary metabolite production in a non-indigenous, toxic cyanobacterium Cuspidothrix issatschenkoi (USAČEV) RAJANIEMI et al.. 14th International Symposium on Phototrophic Prokaryotes, Porto, Portugalsko.

Mezinárodní spolupráce

• Prof. Timo Niedermayer (Institute of Pharmacy, Martin-Luther University of Halle-Wittenberg, Německo)
• Prof. Jeffrey R. Johansen (John Carrol University, Cleveland, USA)
• Dr. Marco Cantonati (Museum of Natural Sciences, Trento, Itálie)
• Dr. David Fewer, Prof. Kaarina Sivonen (Department of Microbiology, Helsinki Institute of Sustainability Science, Finsko)

Pedagogická činnost

• 2012–dosud Soustavná pedagogická činnost na Jihočeské univerzitě v Českých Budějovicích, Česká republika (kurz Fykologické determinační praktikum)
• 2013–dosud Školitel 2 bakalářských, 2 magisterských a 3 doktorandských studentů.

Dokončené studentské práce

• Kust A. 2019. Polyphasic analysis and secondary metabolite patterns in unbranched heterocytous cyanobacteria with different life strategies. Disertační práce. Katedra biologie ekosystémů, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích – Ph.D. školitel
• Bártová M. 2019. Detection and monitoring of potentially toxic cyanobacterial lipopeptides. Magisterská práce. Katedra medicínské biologie, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích – Mgr. školitel
• Dadáková I. 2017. Polyfázická studie sinic rodu Gloeocapsa s využitím molekulární analýzy jednotlivých buněk. Magisterská práce. Ústav botaniky a zoologie, Přírodovědecká fakulta Masarykovy Univerzity – Mgr. školitel
• Dadáková I. 2014. Subaerial cyanophytes/cyanobacteria in National Park Slovak Paradise (Slovakia)- species diversity, ecology and taxonomy. Bakalářská práce. Ústav botaniky a zoologie, Přírodovědecká fakulta Masarykovy Univerzity – Bc. školitel

Rozpracované studentské práce

• TToledo Lemus M. A. Comparison of the classical polyphasic approach and the genome taxonomy workflow to characterize selected synechococcalean lineages (Cyanobacteria). Katedra botaniky, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích – Ph.D. školitel
• Kriuchkov A. Identification of toxic lipoeptide producers in cyanobacterial bloom. Bakalářská práce. Katedra botaniky, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích – Bc. školitel
• Martínez Yerena J. A. Biosynthesis and environmental monitoring of aetokthonotoxin. Katedra botaniky, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích – Ph.D. školitel

Významná ocenění

• 2015 Cena Josefa Hlávky

Další aktivity

Osamělé aktivity v krajině a v dílně, sběr, konzumace a kulinářské zpracování přírodnin.

Dobrovolnictví

Dobrovolně jsem vstoupil do svazku manželského a vychovávám dvě děti.