ORCID: 0000-0002-0457-228X

Janův výzkum se zaměřuje na evoluci a ekologii protist se zvláštním důrazem na evoluci parazitismu u řas. Využívá transkriptomiku a genomiku nové generace k odhalení genetických mechanismů, které jsou základem těchto procesů. Kromě toho se zajímá o genomické a evoluční pozadí biosyntézy bioaktivních sloučenin s ekologickým dopadem. Cílem Janovi práce je poskytnout vhled do složitých interakcí mezi prvoky a jejich prostředím. Prostřednictvím tohoto výzkumu se snaží přispět k porozumění biodiverzitě a potenciálním aplikacím biologie protist.

Curriculum vitae

• 2022 - současnost: Laboratoř evoluce a ekologie řas, Centrum Algatech, Mikrobiologický ústav AV ČR, Třeboň
• 2022 - 2023: Laboratoř environmentální genomiky, Parazitologický ústav, Biologické centrum AV ČR, České Budějovice
• 2016 - 2021: Odborný pracovník, Laboratoř evoluční ekologie, Entomologický ústav, Biologické centrum AV ČR, České Budějovice
• 2013 - 2020: Ph.D. student, Laboratoř evoluční protistologie, Parazitologický ústav, Biologické centrum AV ČR, České Budějovice

5 nejlepších publikací

1. Tomčala A, Michálek J, Schneedorferová I, Füssy Z, Gruber A, Vancová M, Oborník M. (2020) Fatty Acid Biosynthesis in Chromerids. Biomolecules 10: 1102. DOI: 10.3390/biom10081102.
2. Souto-Vilarós D, Machač A, Michálek J, Darwell C, Sisol M, Kuyaiva T, Isua B, Weiblen G, Novotný V, Segar ST. (2019) Faster speciation of fig-wasps than their host figs leads to decoupled speciation dynamics: Snapshots across the speciation continuum. Molecular Ecology 28 : 3958-3976. DOI: 10.1111/mec.15190
3. Souto-Vilarós D, Proffit M, Buatois B, Rindoš M, Sisol M, Kuyaiva T, Isua B, Michálek J, Darwell C, Hossaert-McKey M, Weiblen G, Novotný V, Segar ST. (2018) Pollination along an elevational gradient mediated both by floral scent and pollinator compatibility in the fig and fig-wasp mutualism. Journal of Ecology 106 : 2256-2273. DOI: 10.1111/1365-2745.12995
4. Flegontov P, Michálek J, Janouškovec J, Lai DH, Jirků M, Hajdušková E, Tomčala A, Otto TD, Keeling PJ, Pain A, Oborník M, Lukeš J. (2015) Divergent mitochondrial respiratory chains in phototrophic relatives of apicomplexan parasites. Molecular Biology and Evolution;32(5):1115-31. DOI:10.1093/molbev/msv021. Epub 2015 Feb 6.
5. Woo YH, Ansari H, Otto TD, Klinger CM, Kolisko M, Michálek J, Saxena A, Shanmugam D, Tayyrov A, Veluchamy A, Ali S, Bernal A, del Campo J, Cihlář J, Flegontov P, Gornik SG, Hajdušková E, Horák A, Janouškovec J, Katris NJ, Mast FD, Miranda-Saavedra D, Mourier T, Naeem R, Nair M, Panigrahi AK, Rawlings ND, Padron-Regalado E, Ramaprasad A, Samad N, Tomčala A, Wilkes J, Neafsey DE, Doerig C, Bowler C, Keeling PJ, Roos DS, Dacks JB, Templeton TJ, Waller RF, Lukeš J, Oborník M, Pain A. (2015) Chromerid genomes reveal the evolutionary path from photosynthetic algae to obligate intracellular parasites. Elife;4:e06974.7