Ve skupině Josefa Komendy se Martina podílí na výzkumu biogeneze a opravy fotosystému II (PSII). Ve své doktorské práci se zaměřila na pomocné faktory Psb28 a Psb29 zapojené do pozdní fáze sestavování PSII a také jeho opravy (Bečková et al., 2017a; Bečková et al., 2017b). Studovala také enzym nazývaný super-rogue D1 (PsbA4, ChlF), který je paralogem hlavní podjednotky PSII, D1, a je zodpovědný za syntézu chlorofylu-f u sinic schopných využívat pro fotosyntézu vzdálenou červenou oblast slunečního spektra (Trinugroho et al., 2020, Masuda et al., 2023). Ve spolupráci s Prof. Alice Barkan (University of Oregon, USA) se Martina podílela na optimalizaci metody profilování ribozomů u modelové sinice Synechocystis PCC 6803. Kromě toho spolupracovala na vývoji nových kultivačních zařízení v Centru Algatech. Od července 2024 je na mateřské dovolené.